倉庫業登録の申請先は、倉庫の有効面積が10万平方メートル以上の場合、国土交通大臣ですが、倉庫の有効面積が10万平方メートル未満の場合には、所轄の運輸支局となります。（運輸局長権限）
倉庫業登録の必要書類
倉庫業登録の際に必要な書類には、次のようなものがあります。
・倉庫業登録申請書
・倉庫明細書
・施設設備基準別チェックリスト
・土地や建物の登記簿謄本（登記事項証明書）
・建築確認申請書
・建築確認済証（08510）
・完了検査済証
・倉庫付近の見取図
・倉庫の配置図
・平面図
・立面図
・断面図
・矩計図
・建具表（倉庫図面）
・倉庫管理主任者の関連書類
・法人登記の関連書類
・戸籍抄本
・宣誓書
※役員が欠格事由に該当しないことが記載されているもの
・倉庫寄托約款
・倉庫料金届出書
登録が完了しましたら、登録免許税9万円を支払います。
申請から登録までの標準的な期間は、国土交通大臣への申請の場合は3ヶ月、所轄の運輸局（運輸局長権限）の場合は2ヶ月です。